幻之岛的小果然！

为了丰缘联盟的彩幽大会的小智和同伴们遇到了已经获得五枚奖章勋章的小瞬。遇到久别重逢的劲敌，小遥开始了与小瞬的华丽大赛的练习赛。火箭队在比赛中闯入并企图偷走双方的宝可梦，可是意外地将所有人吸进了他们的潜水艇里。因为超载并且不小心启动了超级涡轮的潜水艇失去了控制，带著众人来到了一座未知的小岛……