神秘！来自宇宙的宝可梦！

正要前往水静市搭乘渡船的小智一行人抵达了一个叫溪谷镇的小镇子，他们打算在这里休整一下，却发现镇上人迹罕见，宝可梦中心的乔伊也十分奇怪，拒绝了他们的投宿。小智一行人在郊外遇见了曾经见过的宝可梦不可思议俱乐部的肯恩和玛莉，他们说城镇的居民是因为来自宇宙的宝可梦的怪异电波控制了。为了让大家恢复正常，小智决定调查所谓的来自宇宙宝可梦的真相。