大木博士与小田卷博士秘密基地之战

在终于拿到第五个徽章小智和同行的伙伴们决定在先前往小田卷研究所，在路中他们巧遇了正去港口回见大木博士的小田卷博士。小智和小刚随同小田卷博士前去港口接博士。来到小田卷研究所的小遥和小胜却见到了先来到研究所的大木博士。大木博士带来了关都的最初拿到的宝可梦来给小田卷博士交流，但是在一旁守候多时的火箭队驾驶机器将所有的最初拿到的宝可梦都抓走了……