古代宝可梦与神秘军团！

小智与皮卡丘在丰缘地区展开新的冒险之旅。由于诸多原因，为了与新人宝可梦训练家小遥一起登录参加丰缘联盟，正往宝可梦中心所在的古辰镇前进。小遥对宝可梦的了解依然很生疏，一路上可用手忙脚乱来形容。最后勉强来到宝可梦中心的一行人，从在中心研究古辰遗迹的梅兹博士那里听到有关古代宝可梦之谜的故事。据说博士最近已解开该谜题。也就在这个夜里，数个身穿红色制服的人突然出现把梅兹博士掳走。这些神秘人的目的到底是什么？古辰遗迹到底隐藏着什么秘密？