漩涡列岛，新的挑战！

小智从当地人口耳相传中得知,漩涡列岛的海底潜藏有神秘神奇宝贝的踪影,而兴奋的搭船往该岛前进.可是,那艘船又被火箭队找上了.皮卡丘为了解决火箭队,发出攻击,不小心破坏了船身的一部份.海上的漩涡涡流激烈,小智等人就这么被抛入海中.这样下去,大家都会被涡流给吞没的!小智等人将会如何呢?