宝可梦医生‧小刚！

结束神奥联盟比赛的小智、小光及小刚3人，搭船前往小光的故乡双叶镇。漫长的旅程也逐渐接近尾声…。正开始感到寂寞的时候，出现了一只皮丘，令3人忍不住露出笑容。这也难怪，因为之後接连有皮宝宝、宝宝丁、露力丽与熊宝宝等可爱的宝可梦跑来！甲板突然间充满了温馨气氛。可是，在那艘船的下方、海底出现要发生恐怖事件的前兆。因为火箭队刺激了过著和平生活的毒刺水母，发怒的毒刺水母群朝海面而来了！宝可梦们当然不可能知道这种事情。接著，事件发生了…！