波波与大波波，飞向未曾见过的天空！

以漩涡列岛大赛为目标,展开漩涡列岛之旅的小智一行人,途中遇到叫做飞太的青年…知道大波波岛的事情.这个岛名奇特的岛屿,据说住在那里的神奇宝贝并不寻常.原来那个神奇宝贝是波波啊.外形看起来很普通,可是…体型却是普通波波的三倍以上,而且不会飞.在这不可思议的岛上,到底发生什么事了呢?小智一行人在飞太带领下,踏入了大波波岛.