小智参赛！宝可梦世界锦标赛！！别认输啊，波加曼！神奥地区的流冰竞泳！！

以与丹帝的对战为目标，小智决定要挑战“宝可梦世界锦标赛”。值得纪念的初战对手是受枯叶道馆的道馆馆主马志士所托而看守道馆的、擅长使用电属性招式的碧斯葵兹。2对2的宝可梦对战，首先是碧斯葵兹的雷丘对上小智的皮卡丘，到底胜负如何？在枯叶市的港口小智和小豪遇见了一只消瘦憔悴的波加曼。将波加曼带回研究所后，从它的训练家美崎那接受了寻找行踪的委托。没想到这只波加曼是从神奥地区游泳过来的。为了将它送回美崎的身边，小智和小豪向着神奥地区出发了！