小智VS丹帝！迈向最强之道！！妙蛙草还真奇妙？

宝可梦对战大会的决赛后，在体育场上，小智和小豪对面的暴噬龟极巨化了，这时小智的皮卡丘被红光所包围……！？小智和小豪已经成为了关都地区枯叶市的樱木研究所的特别研究员，他们的第一个任务就是去调查在城市里的妙蛙草的大行进。他们一进城，就看到所有的妙蛙草都走向某个地方。小智和小豪将要去发现有关妙蛙种子、妙蛙草和妙蛙花的秘密！