黑暗物质苏醒

東京郊外の団地に突然奇妙な形のタワーがせり上がって来たと子供からの通報がある。フジワラ秘書官の命令でHEARTは調査に向かう。調査中のカグラは心の中に「ネオス、ウルトラマンネオス」と呼ぶ少女の声を聞く。その時、タワー近くにいた子供達が消えてしまう。ヒノ隊員は特殊X線透視装置でタワーの入り口を発見、ウエマツ隊員とタワー内部に侵入すると、消えた子供達が青白く凍りついていた。そこにザム星人が現われ、ウエマツとヒノは冷凍光線を浴びてしまう。援護にタワー内部に侵入するカグラ。このタワーはザム星人が宇宙からダークマターのパワーを集め進化しようと造ったもの、人間には被害が及ばないと少女は言うが、カグラはザム星人に実験を止めて一緒に地球に住もうと説得をする。しかし、ザム星人はザム文明を残す為進化しなければいけない。巨大化するザム星人、計画は失敗したのか？
怪獣化したザム星人を誘導しようとするカグラだが、爆発のショックで意識朦朧になる。そこにテレパシーで呼びかける少女の声が…。