柯南和目暮 两位人质（后篇）

誘拐事件に遭遇したコナンは、人質だった少年・三村和雄と服を交換して入れ替わる。誘拐犯の若井隼人・千秋夫婦と行動を共にするうち、二人の自主的な犯行ではなく、誰かに指示されていることに気が付いたコナン。移動中の車中で名前の入ったミニカーを見つけたことで、「子どもを人質に取られて脅されているのでは？」と声をかける。
若井夫妻は、昨日の夕方に「息子・若井哲也の命が惜しかったら、指示に従え」と連絡を受けていた。外で哲也を探し回って夜に帰宅したところ、玄関前に指示書と必要なものの入ったアタッシェケースが置かれていたのだという。若井夫婦に協力することにしたコナンは、指示に従っているフリをしながら哲也を見つけ出すため策を巡らせる。真犯人から送られてきた哲也の写真や、電話中に聞こえた音から、コナンは監禁場所の候補を絞っていき……。
一方、三村家で捜査を続ける目暮警部たちは、若井夫妻が誘拐犯だということにたどり着いていた。また、コナンが電話するようになったことで指示の方法などが変わっており、目暮警部はそれについて違和感を覚える。果たして、真犯人の目的は何なのか？　そして、哲也の居場所は？　目暮警部が導き出した答えは……。